一昨日から酷い悪寒に襲われ熱を出し、 昨日の朝は38℃あったため 会社を休み病院へいきました。 今朝は36.7℃まで下がりましたが いつも朝は36.0℃

あと数日で辞める、後任への引き継ぎもバッチリならば出勤しようが休もうがどちらでもいいです。

転職したら風邪で休めるかどうかについては、そりゃ休むのはいいんじゃないですか？
休みます…と連絡入れて、何を言われようが行かなきゃいいだけですから。
体調不良は誰しもある事ですが、それが頻回であまりにも目立っちゃうと、周りもそう何回も「大丈夫？お大事に〜」なんて優しい言葉をかける気持ちもなくなっていきますよ。
休むなら休んでも、だんだんと信用されなくなっていきますからね。
そうなると働きづらくなるのは自分です。

社会人ですからね。
休む事を考えるより、日頃から体力向上・免疫力アップを心がけた体調管理は必要ですよ。