現在入社して半年の会社で適応障害になり休職中です。 会社から傷病手当が健保から出るので申請をして、その額から会社で立て替えた社会保険料を引くと言われています。

もうお辞めになるつもりなんですよね？
だったらバレても良いと思いますよ。
面接で、過去に休職はしたことがないという言い方をしてしまったのでしょうか？
どちらにしてももう休職されてるので、過去がどうであれ同じですよ。病気で働くことができてないという時点で。
私も過去に適応障害で休職したことあります。辛いですよね。
今は休むことが１番なので、バレるとか関係なくゆっくり休める状況を作ることが大事だと思いますよ。