仕事の人間関係で、メンタルクリニックに係るようになり、このままでは仕事を続けるのがツラいと上司に相談しましたが、 代わりの人員は時短勤務のため難しい云々と言わ

そもそも主さんはどうしたいんですか？
何のために何が目的で上司に相談したんですか？
まずそこがはっきりしてない。
上司としては人手不足や引継ぎのこともあるでしょうし、立場的に引き止めるしかないと思います。辞められたら上司の負担が増えてしまって困るでしょうから。
要は上司は主さんのことよりも自分の都合しか考えてないってことです。でもそれがむしろ普通。
親や友達であれば、辞めること尊重して応援してくれるかもしれませんが。
だから主さんも主さんの都合で決めたらいいと思いますよ。もちろんやめる時期は規則に沿った形で。
でも診断書があれば休職って方法もありますよ。