ウイルスも食物連鎖の一端を担っていて、環境破壊防止目的で自然発生するのでしょうか？

>環境破壊に伴って発生する

この発想がそもそもおかしいんですよね。
例えば環境が破壊されてるとして一体誰がそれを緊急事態としてウィルスを発生させるべきと判断したのか？環境破壊の原因が人間だとしたら誰が人間を淘汰するべきだと決めるのか？神が？地球そのものが？
んなわけないでしょう。地球そのものは生命体ではないのですから。
「間違った道理を正すために新たな生物やウィルスが生まれてより良い環境に正されていく」とか「あまりに増え続け地球を汚した人間は淘汰されていくのだ」という考え方もありますがこれは寓話的・教訓的考え方です。
今の生態系もそもそも地球に生物が生まれたのだって結果論でしかないのです。たまたまバランスがうまくいっていただけ。この生態系が崩れてそれをどうにかしようとするために新たなものが発生したのだという考え方は「俯瞰的に地球全体を見渡す視点が存在している」という発想があってこそですが、それはないですね。「地球では様々な新種の生物やウィルスの誕生あるいは進化が同時に起こり続けているだけ」ということです。結果として
たまたま今までバランスをとれていた。そして時が経ちやや崩れかけていた生態系に大きく変化が生じ環境破壊が止まったとして、そのきっかけが新型のウィルスだったとしても、それは結果でしかなく目的としてあったわけではないと思った方が妥当です。