これは不当人事ですか？

その店舗では主さんと年下従業員と店長の四人だけだったのですか？
もしそれ以外にも従業員が居て、満場一致で主さんが悪いと判断されたなら今回の処分は致し方無いと思います。

皆さん最近簡単に『訴える!!』なんて言いますが、費用も労力もかなり必要です。
特にメンタルの弱い主さんが、今回みたいな言った言わないの水掛け論になった時に精神的に今以上耐えれないと思います。
確たる証拠もなさそうだし、主さんにも無断欠勤や無視をすると言った落ち度もあるみたいなので、もうその会社に拘るのは止めた方がいいと思いますね。