3月末で退職したいと言っている部下がいます。 理由は待遇。 都合のいいように扱われて、低賃金であるため。 そもそも低賃金なのは、彼女の先輩を超える収入だと

この状況で懲戒解雇して、部下が裁判所に出れば、負けるのは会社の方ですよ？

労働基準法20条では、従業員を解雇する際に
『企業側には従業員に1か月程度の猶予を与えることが要求』されています。

部下が退職届をもう出している時点で、これはできなくなり、
退職届を出されてから懲戒解雇に切り替えたとして、20条を満たせず不当解雇になります。
不当解雇で会社が部下に慰謝料払う可能性もあります。

平社員の私でさえ、サッと調べただけで分かるのに…。
こんなことも分からない社長って相当まずいですね。
いや、こんなことも分からない社長がやってるような会社だから、こんな事態になってるんですね〜。

コンプライアンス大丈夫ですか？大丈夫じゃありませんよね？
そもそも退職しようとする部下を執拗に引き留めること自体パワハラ認定なんですよ？

というわけで、部下を懲戒解雇にしようモノなら不利益を被るのは会社側です。
どうにかして社長を説得してください。
だって主は経営陣なんでしょ？
会社が不利益被るのはもちろん全力で阻止しますよね？