自分がいる部署は課長が1番上で、その下に主任がいます。 後は平社員です。 課長は何か平社員が意見を言っても「主任から聞く」と言って立場を重要視してます。

そもそもの、主任への皆の不満というものがどの様な事なのかがスレではわかりません。
ただ、全員が爆発という事ですから、余程の事なのでしょう。

部下達が課長に話した事は悪くない、普通の事です。

結局は課長でしょう。
課長の舵取りが下手なのだと思います。
課長も主任の性格を考えた上で、主任の立場も尊重し、皆とのパイプ役をわざとやらせていたのでしょう。
それが拗れたなら、上手く舵取りをするのは課長の役目ですよ。
全てに匙を投げて主任を干した課長が悪いのだと思います。

部内がどうあるかは、全ては上次第だと思いますけどね。

それか、どうしようもないろくでもない人間がたまに居ますから、主任がそのような誰にもどうする事も出来ないような人間なのかもしれませんが。
それはスレだけではわかりかねます。