自分がいる部署は課長が1番上で、その下に主任がいます。 後は平社員です。 課長は何か平社員が意見を言っても「主任から聞く」と言って立場を重要視してます。

あなたがおっしゃる、主任への不満というものが、具体的にどういうものだったのかがわかりませんが、あくまで仕事の内容に限定されるなら、課長に上申(相談)すること自体は、あり得る話だと思います。

ですがそれは、まずその不満というものを、本人に何度か伝えたが改善する様子が全く見受けられなかった、という前提が必要になるかもしれません。

また、主任を飛び越えて課長に上申(相談)されるわけですから、それが主任に知れた場合は、主任がそういうことになるかもしれないことが、ある程度予想出来る結果です。

なので結果的にとばっちりを受けているかもしれない状況になってしまった引き金は、確かに課長への上申(相談)だったと思いますが、この問題の本当のポイントはそこではなく、そもそもその部署全体でのコミュニケーションの取り方がどうだったのか、という点かなと思いました。