スーパーにくるお客様がオカマの人で毎日くるのですが、休憩室で売り場のじゃがいもを買っては電子レンジでチンしたりパンのミミを電子レンジでチンして食べてるみたいです

確かに自宅とかならどう使おうが勝手ですけど、お弁当やお惣菜を温めるわけですもんね。
気になる人がいるのわかります。
公共の弁当惣菜をかった方が温めて食べられるようにと好意で置いているだけなので下手したら撤去しても良いものです。
再三言って改善しないなら撤去するしかないのでは？
注意書き貼るとかしたりしても改善がないなら店長さんなりが考える問題かなと感じます。