家庭環境がくそみたいに悪いんですが、この場合どこに相談したらいいんでしょうか。また、相談したところでどうにかしてもらえると思いますか？年齢は12で来年中学生にな

順番に説明します。

お父さんとの同居については、主さんが望めばそうなるでしょうし恐らく一度は薦められるでしょうけど、今のような理由をちゃんと話せば回避されると思います。
肝心なのは「ちゃんと言うこと」です。

また入所中の面会について「いつでも会える」とは言いましたが、当たり前の話として主さんが拒否すれば会えませんし、ご両親のどちらかが会いに来なければわざわざ病院や実家まで送り届けてもらうのは難しいです。少なくとも頻繁には。

児童相談所にはとりあえず電話してみてください。厚生労働省が住所と電話番号を公表しています。
自分の住所に近い所が良いんですが、違ってたら「こっちに電話して」と教えてくれると思います。
もしくは１８９に電話しても良いと思います。

警察沙汰になるかどうかは、正直に言ってなる可能性が高いと思います。

ただ話から察するにお母さんの場合は精神的な病気があることから、恐らくそう重い罪には問われないとは思います。

執行猶予が付くのではないでしょうか。