彼女はシングルマザーです。 彼女が中学生の息子に対して甘いです。 それを見てイライラします。 子育てに関して口出ししてしまいます。 付き合って3ヶ月

絶対に口出ししないでください。
彼女と付き合っているだけでお父さんになるわけではないし、息子さんのことは切り離して考えたほうがいいと思います。
仮にお父さんになる予定だったとしても口出しはやめたほうがいいと思います。

イライラが悩みなら、息子さん抜きで会えば解決するのではないですか？
中学生なら一人でお留守番も十分できると思います。
夜遅くまで彼女を外出させたり外泊させたりしなければ大丈夫な年ごろではないでしょうか。
単なるイライラがいつか虐待に発展する危険が十分考えられると思います。
命の問題にもなりかねないので、危険事案からは距離を置く努力が必要だと思います。